因為這是保護公司及員工的雙贏措施。
工時推定原則下，員工的早到及晚退通通變加班
大家都知道，公司必須準備員工的出勤紀錄，不論是用打卡鐘、刷門禁卡、掃描指紋，還是最陽春的紙本簽到簿等等，而且要詳細記錄到何年何月何日幾點幾分。
一般來說，不會有員工天天精準地按表定上下班時間打卡，通常都會提早幾分鐘進辦公室，然後晚幾分鐘離開下班；有些員工則會在上班前提早30分鐘、1小時打卡進辦公室享受悠閒的早餐時光，下班時間到了繼續待在辦公室與同事閒聊個30分鐘、1小時才打卡離開。
不要小看這些動作，假設哪天發生勞資糾紛，精明的員工會故意主張過去經年累月的「早到吃早餐」及「因為閒聊才晚退」時間通通屬於加班，要求公司分毫不差地支付加班費，因為他知道法律推定（預設）出勤紀錄就是上班時間，員工不用提出任何加班的證明，反而是公司要去證明那些時間不是加班。
如果沒有加班申請的制度，公司提不出任何的反面證據，法院會直接按照打卡紀錄判公司補給加班費。
公司沒要求加班，員工就別想拿到加班費
有些員工因繁忙而無法在表定上班時間內做完有期限壓力的工作，會自己想辦法找時間加班趕工。
儘管有工時推定原則，也儘管勞動部指出雇主默許員工自動加班也要給加班費，在沒有加班申請制的情況下，如果公司有本事證明自己並未要求或默許加班，那些盡責的員工（尤其把事情帶回家做的）其實很難爭取到加班費。
加班申請制+定期檢查出勤紀錄
為了解決前面那些困擾，建議公司在契約或內規明文要求員工加班一律須申請（不論事前提出或事後覆核），並且每日、每週或至少每月定期檢查出勤紀錄上的打卡時間。
為什麼有了加班申請制，還要定期檢查打卡時間？因為一旦員工早打上班卡或晚打下班卡超過30分鐘，在實務上容易被認為是加班，此時HR要向員工確認該段時間並非加班並留下確認的紀錄。少做這個動作，即便公司採取加班申請制，依舊存在為單純的早到或晚退支付加班費的風險。
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