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除非員工已同意或工作規則有明定且經主管機關核備，否則直接從薪資扣回預支或超休特休工資，容易違法。
員工能否預支特休？
特別休假，也就是帶薪休假，是按照員工到職後滿一定年資來給予相對應的休假日數。
在一般情況，員工還沒滿一定的年資，就無法享有該年資的法定特休日數。不過，如果雇主願意預先給予、讓員工預支特休，只要雙方約定好就沒有問題。
萬一員工預支了特休，在還沒做滿年資的時候就離職（無論是自行辭職、被資遣或因犯錯被開除），就會發生超休特休的情況。
沒有約定或規定，就不可以從薪資扣回超休特休工資
不少人會認為，既然員工「預支」特休又沒做滿年資，讓公司白付了帶薪休假的工資，那就應該在離職時「歸還」，所以公司有權從最後一個月的薪資中直接扣回。
員工當然要歸還溢領的超休特休工資，然而，在勞基法「工資全額給付原則」的天條下，公司也不能隨便用扣薪的方式要求員工歸還，否則就等著收低消2萬元的罰單。除非，雙方在一開始或事後約定好可以直接從薪資扣回，或者公司的請假辦法、內部規章等工作規則有明文規定且經主管機關核備。
欠缺配套措施，就別輕易允許預支特休
如果一開始雙方沒有約定超休特休的處理方式，公司也沒有相關規定，事後員工又不願意被扣薪，此時公司只能另行透過調解或訴訟的方式討回超休特休工資。
因此，沒有完整的配套措施，公司就別輕易讓員工預支特休，否則一旦發生超休特休的情況，既不能直接扣薪，又得花更多的時間及金錢來討回，實在是不划算。
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