員工離職時，若還有剩下的特休沒休完，雇主就一定要換錢。但如果員工不只用光特休，而且還有預支或超休的情況，這時候該怎麼辦？
什麼時候會有「預支特休」？
預支特休跟預支薪水是一樣的道理。
照理說，員工必須在職服務滿一定的年資，才能取得相對應的特休日數；若用完特休，就要等到做滿下一階段的年資。
不過，若公司願意讓員工提前使用未來年資的帶薪休假，就是預支特休。當員工之後的確也做滿年資，屆時公司給特休只要扣掉預支日數即可，雙方互不相欠；但當員工沒做滿年資就離職，就會變得比較麻煩。
什麼時候會有「超休特休」？
特休的年資是從員工到職日當天起算（若有試用期，要從試用第1天起算），自員工在職滿6個月開始，每滿一定的年資，在隔一天就可以取得請特休的權利。
勞基法允許不同的特休制度，差別在於「可請休期間（行使特別休假權利之期間）」。
若勞資雙方沒有特別約定，就以最直觀易懂的週年制（從員工到職日當天起算，計算上與特休年資一致）為預設，例如員工在2021年2月15日到職，若在職到當年的8月14日就做滿6個月，翌日也就是8月15日即可取得3天的特休權利，可請休期間為2021年8月15日至2022年2月14日。
但週年制最大的問題在於，因為每個員工的到職日不同，所以「給假日期」及「可請休期間」都不一致，「特休結算的年度終結日」也不同。
若要統一管理特休，讓每個員工的「給假日期」、「可請休期間」及「特休結算的年度終結」全部一致，就可以採取曆年制、學年度制、特殊會計年度制或其他自行約定的年度制。
在這些特殊年度制下，若公司在年初就「一次預給」當年度的所有特休，當員工離職結清特休時，就可能會有超休的情況發生。
例如，公司採曆年制且在1月1日就一次預先給假。有一名A員工：
- 2021年12月25日到職
- 2022年1月1日取得公司預給的3.1天特休
- 2022年1月間休完所有的特休
- 2022年1月31日離職
A員工的年資只有1個多月，因為公司採曆年制而提前享有特休，卻在未滿年資、休完預給特休的情況下離職，此時就會有超休特休的情況。
又例如，在同一間公司，有另一名B員工：
- 2020年2月15日到職
- 2022年1月1日取得9.6天特休（其中0.9天為滿1年年資而公司應給的特休，其餘8.7天為2年年資未滿但公司預給的特休）
- 2022年1月間休完所有的特休
- 2022年1月31日離職
B員工在2022年1月1日的年資還未滿2年，因為公司採曆年制而提前享有2年年資才有的8.7天特休（計算式：10 – (1 + 14/28 )/12 * 10），而B員工在未滿年資、休完預給特休的情況下離職，一樣會發生超休特休。
但並不是採曆年制等特殊年度制就一定會發生超休，有些情況反而是離職員工休不完特休。例如假設B員工的離職日是2022年2月20日且一樣已休完所有特休，在這種情況，B員工已滿2年年資而依法享有10天特休，實際上卻只拿到其中的8.7天，剩下的1.3天還來不及拿（原本要等到2023年1月1日才拿到）就已經離職，此時公司必須將這1.3天「應給而未給」的未休特休折算工資，否則就會違法。
若事先沒講好，公司不可以直接扣薪來抵
無論離職員工有預支或超休特休，對公司來說都是白付了帶薪休假的工資，也就是員工溢領這部分的錢。
不過，由於勞基法有「工資全額給付原則」這項天條，公司原則上不能隨便扣發員工的薪水，若沒有事先約定或規定，就不可以從薪資扣回預支或超休特休工資。
最理想的處理方式，除了事先約定或規定預支或超休特休的使用規則外，公司可以進一步用書面明確告知預支或超休的特休天數、計算方式及溢領金額，並請離職員工簽名同意讓公司直接從最後一個月的薪資中扣除
不知如何處理預支特休，也不會計算超休天數及溢領工資，怎麼辦？
預支特休遠不如預支薪水般容易處理，而曆年制等特殊年度制下可能產生的超休問題更是麻煩，首先必須判斷員工是「超休」還是「休不完」，若是超休，則要進一步計算超休的天數及員工溢領的金額。
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